Laboratoire Xavier Roucou (siteweb)

Le service bio-informatique a contribué de façons significative à la découverte du protéome alternatif de ce laboratoire. En plus d'être responsable de l'organisation des ressources informatiques nécessaire à l'analyse du protéome alternatif. Nous développons actuellement un système de gestion de données de laboratoire (LIMS) qui sera dédié à l'annotation fonctionnelle des protéines alternatives. Jusqu'à maintenant, le service a contribué activement à deux publications issues de recherches effectuées au sein de ce laboratoire:

• Vanderperre B, Lucier JF, Bissonnette C, Motard J, Tremblay G, Vanderperre S, Wistorski M, Salzet M, Boisvert FM, Roucou X (2013)
  Direct detection of alternative open reading frames translation products in human significantly expands the proteome.
  PLoS One. 8(8):e70698. doi: 10.1371/journal.pone.0070698
  PMID: 23950983

• Vanderperre B, Lucier JF, Roucou X (2012)
  HAltORF: a database of predicted out-of-frame alternative open reading frames in human.
  Database (Oxford). 2012:bas025. doi: 10.1093/database/bas025.
  PMID: 22613085

Laboratoire Nathalie Bissonnette

• Analyse de données RNA-SEQ.
• Analyse de pathway, clustering, etc.
• Simulation avec données de RNA-SEQ afin de déterminer le nombre maximal d'échantillons pouvant être multiplexés sur une ligne de séquencage pour l'indentification de SNPs préalablement identifiés.
• Développement d'un prototype de système de gestion de données de laboratoire.

Laboratoire Peter Dirks (siteweb)

• Analyse de données DNA-SEQ.
• Analyse de pathway, clustering, etc.

Service de rhumatologie

• Développement d'un portail et de deux outils bio-informatiques:
  • ScoreSharp
  • Teaching cases
• Analyse de SNPs répertoriés dans GWAS en lien avec diverses maladies.
• Développement d'un outil pour l'étude populationnel de la vasculite systémique.

Calcul Quebec / Calcul Canada

• Aide bioinformatique aux utilisateurs du super-ordinateur mammouth.
• Aide à la formulation des requis de la platforme GenAP.